中共清远市清新区纪律检查委员会与清远市清新区监察委员会合署办公。目前内设职能部门16个，即：办公室、宣教调研室、党风政风监督室、信访室（举报中心）、案件监督管理室、第一至第五纪检监察室、案件审理室、第一至第五派驻组。
办公室：负责文电、公务会务、机要保密、档案、后勤保障等机关日常运转和综合协调工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委监委有关规范性文件、文稿；督促检查本委有关工作部署的落实情况；负责机关的党建日常工作等。
宣教调研室：负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻实务和有关网络信息工作等。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作。
信访室（举报中心）：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对公职人员和有关人员的职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等；综合分析信访举报情况。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理和处置的组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索，以及上级转办、交办和下级纪检监察机关报送的问题线索；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项。
第一至第五纪检监察室：主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议。向监察对象所在单位提出监察建议。
案件审理室：负责审理区纪委监委直接审查调查违反党纪和职务违法、职务犯罪案件及镇纪委、区有关部门审查处理的案件；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。协助有关部门核查干部廉政表现情况征求意见回复等工作。
第一至第五派驻组：监督检查所联系的单位（镇）贯彻执行党的路线方针政策和决议，遵守国家法律、法规，执行区委、区政府决策部署的情况；监督检查所联系的单位（镇）党政领导班子及成员维护党的政治法律、贯彻执行民主集中制、选拔任用干部、贯彻落实党风廉政建设责任制和廉政勤政的情况；监督检查所联系的镇和单位涉及重大事项决策、重要人事任免、重大项目安排和大额度资金使用情况。